Idalid Cuero-Quezada 2019
Diseño de oligonucleótidos para Beta-2-microglobulina (B2M)
Figura 1. Esquema representativo del gen control Beta-2-microglobulina (B2M). Se muestran en recuadros azules de B2M-204 (ENST00000558401.5); en flechas naranja se encuentra la posición de los oligonucleótidos diseñados para su detección y en el recuadro color guinda se menciona los exones involucrados y su amplificado teórico.
Clonación de Beta-2-mioglobulina (B2M)
Clonación de Beta-2-mioglobulina (B2M)

Figura 2. Clonación de Beta-2-microglobulina (B2M). A) Producto de PCR de paciente de 808 pb positivo para el control B2M. B) Producto de PCR de 808 pb de plásmidos de clonas candidatas para la clonación del control B2M_pJET1.2. Electroforesis en gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M). C) Esquema del producto de PCR B2M insertado en el vector pJET1.2 producto de secuenciación del amplificado del gen Beta-2-microglobulina (B2M) de 808 pb. En color lila las secuencias de los oligonucleótidos diseñados para la identificación del gen control, y en color azul los exones 4, 3 y 2 resultantes de la amplificación del gen B2M.
Diseño de oligonucleótidos para t(1;19)(q23;p13)
Figura 3. Esquema representativo de los re-arreglos exónicos de la t(1;19)(q23;p13). Se muestran en recuadros azules los exones del gen TCF3-201 (ENST00000262965.9) y en recuadros verdes los exones correspondientes PBX1-203 (ENST00000420696.6); en flechas naranja se encuentra la posición de los oligonucleótidos diseñados para su detección y en el recuadro color guinda se menciona los exones involucrados y su amplificado teórico.
Clonación de la t(1;19)(q23;p13)

Figura 4. Clonación de la t(1;19)(q23;p13). A) Producto de PCR de paciente de ≈200 pb positivo para la t(1;19)(q23;p13). B) Producto de PCR de ≈200 pb de plásmidos de clonas candidatas para la clonación del control de la t(1;19)_pJET1.2. Electroforesis en gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M). C) Esquema del producto de PCR de la t(1;19)(q23;p13) insertado en el vector pJET1.2 producto de secuenciación del amplificado de la t(1;19)(q23;p13) de 253 pb. En color lila las secuencias de los oligonucleótidos diseñados para la identificación de la alteración cromosómica así como las secuencias de oligonucleótidos del vector de clonación Fw pJET1.2 y Rv pJET1.2 cuya posición flanquea el producto de interés, en color guinda al gen TCF3 exón 13 y en color verde al gen PBX1 exón 3.
Diseño de oligonucleótidos para t(12;21)(p13;q22)
Figura 5. Esquema representativo de los re-arreglos exónicos de la t(12;21)(p13;q22). Se muestran en recuadros azules los exones del gen ETV6-202 (ENST00000396373.8) y en recuadros verdes los exones correspondientes RUNX1-201 (ENST00000300305.7); en flechas naranja se encuentra la posición de los oligonucleótidos diseñados para su detección y en el recuadro color guinda se menciona los exones involucrados y su amplificado teórico.
Clonación de la t(12;21)(p13;q22)
Figura 6. Clonación de la t(12;21)(p13;q22). A) Producto de PCR de paciente de ≈300 pb positivo para la t(12;21)(p13;q22). B) Producto de PCR de ≈300 pb de plásmidos de clonas candidatas para la clonación del control la t(12;21)_pJET1.2. Electroforesis en gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M). C) Esquema del producto de PCR de la t(12;21)(p13;q22) insertado en el vector pJET1.2 producto de secuenciación del amplificado de la t(12;21)(p13;q22) de 287 pb. En color lila las secuencias de los oligonucleótidos diseñados para la identificación de la alteración cromosómica así como las secuencias de oligonucleótidos del vector de clonación Fw pJET1.2 y Rv pJET1.2 cuya posición flanquea el producto de interés, en color guinda al gen ETV6 exón 5 y en color verde al gen MYH11 exones 4 y 5.
Diseño de oligonucleótidos para del(1)(p32)
Figura 7. Esquema representativo de los re-arreglos exónicos de la del(1)(p32). Se muestran en recuadros azules los exones del gen SIL-203 (ENST00000371877.7) y en recuadros verdes los exones correspondientes TAL1-202 (ENST00000371884.6); en flechas naranja se encuentra la posición de los oligonucleótidos diseñados para su detección y en el recuadro color guinda se menciona los exones involucrados y su amplificado teórico.
Clonación de la del(1)(p32)
Figura 8. Clonación de la del(1)(p32). A) Producto de PCR de paciente de ≈200 pb positivo para la del(1)(1p32). B) Producto de PCR de ≈200 pb de plásmidos de clonas candidatas para la clonación del control de la del(1)_pJET1.2. Electroforesis en gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M). C) Esquema del producto de PCR de la del(1)(1p32) insertado en el vector pJET1.2 producto de secuenciación del amplificado de la del(1)(1p32) de 241 pb. En color lila las secuencias de los oligonucleótidos diseñados para la identificación de la alteración cromosómica así como las secuencias de oligonucleótidos del vector de clonación Fw pJET1.2 y Rv pJET1.2 cuya posición flanquea el producto de interés, en color guinda al gen STIL exón 1 y en color ver al gen TAL1 exón 2.
Diseño de oligonucleótidos para t(4;11)(q21;q23)
Figura 9. Esquema representativo de los re-arreglos exónicos de la t(4;11)(q21;q23). Se muestran en recuadros azules los exones del gen MLL-213 (ENST00000534358.5) y en recuadros verdes los exones correspondientes AFF1-202 (ENST00000395146.8); en flechas naranja se encuentra la posición de los oligonucleótidos diseñados para su detección y en el recuadro color guinda se menciona los exones involucrados y su amplificado teórico. El re-arreglo ex9-ex5 presenta menos del 10% de la frecuencia relativa, mientras que el re-arreglo ex10-ex4 es del 18% y la frecuencia del re-arreglo ex11-ex4 es del 55% [Gabert, J., et al., 2003].
Clonación de la t(4;11)(q21;q23)
Figura 10. Clonación de la t(4;11)(q21;q23). A) Producto de PCR de paciente de ≈300 pb positivo para la t(4;11)(q21;q23). B) Producto de PCR de ≈300 pb de plásmidos de clonas candidatas para la clonación del control de la t(4;11)_pJET1.2. Electroforesis en gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M). C) secuenciación del amplificado de la t(4;11)(q21;q23) de 265 pb. En color lila las secuencias de los oligonucleótidos diseñados para la identificación de la alteración cromosómica así como las secuencias de oligonucleótidos del vector de clonación Fw pJET1.2 y Rv pJET1.2 cuya posición flanquea el producto de interés, en color guinda al gen MLL exón 7 y 8, en color verde al gen AFF1 exón 6, 7.
Diseño de oligonucleótidos para t(9;22)(q34;q11) m-bcr

Clonación de la t(9;22)(q34;q11) m-bcr
Figura 12. Clonación de la t(9;22)(q34;q11) m-bcr. A) Producto de PCR de paciente de ≈500 pb positivo para la t(9;22)(q34;q11) m-bcr. B) Producto de PCR de ≈500 pb de plásmidos de clonas candidatas para la clonación del control de la t(9;22) m-bcr_pJET1.2. Electroforesis en gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M). C) Esquema del producto de PCR de la t(9;22)(q34;q11) m-bcr insertado en el vector pJET1.2 producto de secuenciación del amplificado de la t(9;22)(q34;q11) m-bcr de 513 pb. En color lila las secuencias de los oligonucleótidos diseñados para la identificación de la alteración cromosómica así como las secuencias de oligonucleótidos del vector de clonación Fw pJET1.2 y Rv pJET1.2 cuya posición flanquea el producto de interés, en color guinda al gen ABL exón 2 y 3, en color verde al gen.
Diseño de oligonucleótidos para t(9;22)(q34;q11) M-bcr
Figura 13. Esquema representativo de los re-arreglos exónicos de la t(9;22)(q34;q11) M-bcr. Se muestran en recuadros azules los exones del gen BCR-201 (ENST00000305877.12) y en recuadros verdes los exones correspondientes ABL-202 (ENST00000372348.6); en flechas naranja se encuentra la posición de los oligonucleótidos diseñados para su detección y en el recuadro color guinda se menciona los exones involucrados y su amplificado teórico. El re-arreglo ex14-ex2 representa ~55% mientras que el juego de exones ex13-ex2 el ~40% de la frecuencia relativa [Gabert, J., et al., 2003].
Clonación de la t(9;22)(q34;q11) M-bcr
Figura 14. Clonación de la t(9;22)(q34;q11) M-bcr. A) Producto de PCR de paciente de ≈500 pb positivo para la t(9;22)(q34;q11) M-bcr. B) Producto de PCR de ≈500 pb de plásmidos de clonas candidatas para la clonación del control de la t(9;22) M-bcr_pJET1.2. Electroforesis en gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M). C) Esquema del producto de PCR de la t(9;22)(q34;q11) M-bcr insertado en el vector pJET1.2 producto de secuenciación del amplificado de la t(9;22)(q34;q11) M-bcr de 516 pb. En color lila las secuencias de los oligonucleótidos diseñados para la identificación de la alteración cromosómica así como las secuencias de oligonucleótidos del vector de clonación Fw pJET1.2 y Rv pJET1.2 cuya posición flanquea el producto de interés, en color guinda al gen BCR exón 12 y 13, en verde exón 2 y 3.
Diseño de oligonucleótidos para t(15;17)(q24;q21)
Figura 15. Esquema representativo de los re-arreglos exónicos de la t(15;17)(q24;q21). Se muestran en recuadros azules los exones del gen PML-201 (ENST00000268058.7) y en recuadros verdes los exones correspondientes RARA-201 (ENST00000254066.9); en flechas naranja se encuentra la posición de los oligonucleótidos diseñados para su detección y en el recuadro color guinda se menciona los exones involucrados y su amplificado teórico. El re-arreglo exónico ex6-ex3 presenta una frecuencia relativa de ~55% y el re-arreglo ex3-ex3 representa el ~40% [Gabert, J., et al., 2003].
Clonación de la t(15;17)(q24;q21)_a
Figura 16. Clonación de t(15;17)(q24;q21)_a. A) Producto de PCR de paciente de ≈300 pb positivo para la t(15;17)(q24;q21)_a. B) Producto de PCR de ≈300 pb de plásmidos de clonas candidatas para la clonación del control de la t(15;17)(q24;q21)_a _pJET1.2. Electroforesis en gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M). C) Esquema del producto de PCR de la t(15;17)(q24;q21)_a insertado en el vector pJET1.2 producto de secuenciación del amplificado de la t(15;17)(q24;q21)_a de 280 pb. En color lila las secuencias de los oligonucleótidos diseñados para la identificación de la alteración cromosómica así como las secuencias de oligonucleótidos del vector de clonación Fw pJET1.2 y Rv pJET1.2 cuya posición flanquea el producto de interés, en color guinda al gen PML exón 6 y en color verde al gen RARA exón 3 y 4.
Clonación de la t(15;17)(q24;q21)_b
Figura 17. Clonación de la t(15;17)(q24;q21)_b. A) Producto de PCR de paciente de ≈300 pb positivo para la t(15;17)(q24;q21)_b. B) Producto de PCR de ≈300 pb de plásmidos de clonas candidatas para la clonación del control de la t(15;17)(q24;q21)_b_pJET1.2. Electroforesis en gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M). C) Esquema del producto de PCR de la t(15;17)(q24;q21)_b insertado en el vector pJET1.2 producto de secuenciación del amplificado de la t(15;17)(q24;q21)_b de 218 pb. En color lila las secuencias de los oligonucleótidos diseñados para la identificación de la alteración cromosómica así como las secuencias de oligonucleótidos del vector de clonación Fw pJET1.2 y Rv pJET1.2 cuya posición flanquea el producto de interés, en color guinda al gen PML exón 3 y en color verde al gen RARA exón 3 y 4.
Diseño de oligonucleótidos para inv(16)(p13;q22)
Figura 18. Esquema representativo de los re-arreglos exónicos de la inv(16)(p13;q22). Se muestran en recuadros azules los exones del gen CBFB-202 (ENST00000412916.6) y en recuadros verdes los exones correspondientes MYH11-202 (ENST00000396324.7); en flechas naranja se encuentra la posición de los oligonucleótidos diseñados para su detección y en el recuadro color guinda se menciona los exones involucrados y su amplificado teórico.
Clonación de la inv(16)(p13;q22)_a
Figura 19. Clonación de la inv(16)(p13;q22)_a. A) Producto de PCR de paciente de ≈500 pb positivo para la inv(16)(p13;q22)_a. B) Producto de PCR de ≈500 pb de plásmidos de clonas candidatas para la clonación del control de la inv(16)_a_pJET1.2. Electroforesis en gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M). C) Esquema del producto de PCR de la inv(16)(p13;q22)_a insertado en el vector pJET1.2 producto de secuenciación del amplificado de la inv(16)(p13;q22)_a de 452 pb. En color lila las secuencias de los oligonucleótidos diseñados para la identificación de la alteración cromosómica así como las secuencias de oligonucleótidos del vector de clonación Fw pJET1.2 y Rv pJET1.2 cuya posición flanquea el producto de interés, en color guinda al gen CBFB exones 4 y 5, en color verde al gen MYH11 exones 34 y 35.
Clonación de la inv(16)(p13;q22)_b
Figura 20. Clonación de la inv(16)(p13;q22)_b. A) Producto de PCR de paciente de ≈600 pb positivo para la inv(16)(p13;q22)_b. B) Producto de PCR de ≈ 600 pb de plásmidos de clonas candidatas para la clonación del control de la inv(16)(p13;q22)_b _pJET1.2. Electroforesis en gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M). C) Esquema del producto de PCR de la inv(16)(p13;q22)_b insertado en el vector pJET1.2 producto de secuenciación del amplificado de la inv(16)(p13;q22)_b de 627 pb. En color lila las secuencias de los oligonucleótidos diseñados para la identificación de la alteración cromosómica así como las secuencias de oligonucleótidos del vector de clonación Fw pJET1.2 y Rv pJET1.2 cuya posición flanquea el producto de interés, en color guinda al gen CBFB exón 4 y 5, en color verde al gen MYH11 exón 29, 30 y 31.
Diseño de oligonucleótidos para t(8;21)(q22;q22)
Figura 21. Esquema representativo de los re-arreglos exónicos de la t(8;21)(q22;q22). Se muestran en recuadros azules los exones del gen RUNX1-201 (ENST00000300305.7) y en recuadros verdes los exones correspondientes RUNX1T1-205 (ENST00000436581.6); en flechas naranja se encuentra la posición de los oligonucleótidos diseñados para su detección y en el recuadro color guinda se menciona los exones involucrados y su amplificado teórico.
Clonación de la t(8;21)(q22;q22)
Figura 22. Clonación de la t(8;21)(q22;q22). A) Producto de PCR de paciente de ≈500 pb positivo para la t(8;21)(q22;q22). B) Producto de PCR de ≈500 pb de plásmidos de clonas candidatas para la clonación del control de la t(8;21)_pJET1.2. Electroforesis en gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M). C) Esquema del producto de PCR de la t(8;21)(q22;q22) insertado en el vector pJET1.2 producto de secuenciación del amplificado de la t(8;21)(q22;q22) de 514 pb. En color lila las secuencias de los oligonucleótidos diseñados para la identificación de la alteración cromosómica así como las secuencias de oligonucleótidos del vector de clonación Fw pJET1.2 y Rv pJET1.2 cuya posición flanquea el producto de interés, en color guinda al gen RUNX1 con los exones 5 y6, en color verde al gen RUNX1 con el exón 4.
Figura 23. A) Electroforesis de la PCR de paciente sano negativo a las alteraciones cromosómicas, el amplificado de
800pb corresponde al control BM. Gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de 100 pb (M). B) Electroforesis de la PCR de control negativo donde se utilizó agua en lugar de cDNA. Gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M)
t(1;19)(q23;p13)
Muestra de paciente previamente diagnosticado con LLA mediante la clínica que presentaba e inmunofenotipo con la alteración t(1;19)(q23;p13) establecida por RT-PCR con el kit comercial HemaVision© 28N, se sintetizó cDNA del paciente positivo a la t(1;19)(q23;p13) correspondiente a los oligonucleótidos diseñados Fw119 y Rv119, este resultado se puede apreciar en la Figura 24.
Figura 24. Electroforesis de la PCR del paciente positivo a la t(1;19)(q23;p13), el amplificado observado corresponde al re-arreglo exónico TCF3 ex13 – PBX1 ex3. Gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M).
t(12;21)(p13;q22)
Muestra de paciente previamente diagnosticado con LLA mediante la clínica que presentaba e inmunofenotipo con la alteración t(12;21)(p13;q22) establecida por RT-PCR con el kit comercial HemaVision© 28N, se sintetizó cDNA del paciente positivo a la t(12;21)(p13;q22) correspondiente a los oligonucleótidos diseñados Fw1221y Rv1221, este resultado se puede apreciar en la Figura 25.
Figura 25. Electroforesis de la PCR del paciente positivo a la t(12;21)(p13;q22), el amplificado observado corresponde al re-arreglo exónico ETV6 ex6 – RUNX1 ex3. Gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M).
del(1)(p32)
Muestra de paciente previamente diagnosticado con LLA-T mediante la clínica que presentaba e inmunofenotipo con la alteración del(1)(p32) establecida por RT-PCR con el kit comercial HemaVision© 28N, se sintetizó cDNA del paciente positivo a la del(1)(p32) correspondiente a los oligonucleótidos diseñados Fwd1y Rvd1, este resultado se puede apreciar en la Figura 26.
Figura 26. Electroforesis de la PCR del paciente positivo a la del(1)(p32), el amplificado observado corresponde al re-arreglo exónico SIL ex1 – TAL ex2. Gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M).
t(4;11)(q21;q23)
Muestra de paciente previamente diagnosticado con LLA mediante la clínica que presentaba e inmunofenotipo con la alteración t(4;11)(q21;q23) establecida por RT-PCR con el kit comercial HemaVision© 28N, se sintetizó cDNA del paciente positivo a la t(4;11)(q21;q23) correspondiente a los oligonucleótidos diseñados Fw411y Rv411, este resultado se puede apreciar en la Figura 27.
Figura 27. Electroforesis de la PCR del paciente positivo a la t(4;11)(q21;q23), el amplificado observado corresponde al re-arreglo exónico MLL ex9 – AFF1 ex7. Gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M).
t(9;22)(q34;q11) m-bcr
Muestra de paciente previamente diagnosticado con LLA mediante la clínica que presentaba e inmunofenotipo con la alteración t(9;22)(q34;q11) m-bcr establecida por RT-PCR con el kit comercial HemaVision© 28N, se sintetizó cDNA del paciente positivo a la t(9;22)(q34;q11) m-bcr correspondiente a los oligonucleótidos diseñados Fw922m y Rv922, este resultado se puede apreciar en la Figura 28.
t(9;22)(q34;q11) M-bcr
Muestra de paciente previamente diagnosticado con LMC mediante la clínica que presentaba e inmunofenotipo con la alteración t(9;22)(q34;q11) M-bcr establecida por RT-PCR con el kit comercial HemaVision© 28N, se sintetizó cDNA del paciente positivo a la t(9;22)(q34;q11) M-bcr correspondiente a los oligonucleótidos diseñados Fw922M y Rv922, este resultado se puede apreciar en la Figura 29.
Figura 29. Electroforesis de la PCR del paciente positivo a la t(9;22)(q34;q11) M-bcr, el amplificado observado corresponde al re-arreglo exónico BCR ex12 – ABL ex3. Gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M).
t(15;17)(q24;q21)
Muestra de paciente previamente diagnosticado con LPA mediante la clínica que presentaba e inmunofenotipo con la alteración t(15;17)(q24;q21) establecida por RT-PCR con el kit comercial HemaVision© 28N, se sintetizó cDNA del paciente positivo a la t(15;17)(q24;q21) correspondiente a los oligonucleótidos diseñados Fw1517b y Rv1517, este resultado se puede apreciar en la Figura 30.
inv(16)(p13;1q22)
Muestras de pacientes previamente diagnosticado con LMA-M4 mediante la clínica que presentaba e inmunofenotipo con la alteración inv(16)(p13;1q22) establecida por RT-PCR con el kit comercial HemaVision© 28N, se sintetizó cDNA de estos pacientes los cuales resultaron positivos a la inv(16)(p13;1q22). En la Figura 31A correspondiente al paciente LABM el amplificado observado de ≈500 pb es producto de los oligonucleótidos diseñados Fwi16_a y Rvi16_a, en cambio en la Figura 31B del paciente MEMG el amplificado de ≈600 pb es originado por los oligonucleótidos diseñados Fwi16_b y Rvi16_b.
Figura 31. A) Electroforesis de la PCR del paciente positivo a la inv(16)(p13;q22), el amplificado observado corresponde al re-arreglo exónico. Gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M). B) Electroforesis de la PCR del paciente positivo a la inv(16)(p13;q22), el amplificado observado corresponde al re-arreglo exónico CBFB ex5 – MYH11 ex29. Gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M).
t(8;21)(q22;q22)
Muestra de paciente previamente diagnosticado con LMA mediante la clínica que presentaba e inmunofenotipo con la alteración t(8;21)(q22;q22) establecida por RT-PCR con el kit comercial HemaVision© 28N, se sintetizó cDNA del paciente positivo a la t(8;21)(q22;q22) correspondiente a los oligonucleótidos diseñados Fw821 y Rv821, este resultado se puede apreciar en la Figura 32.
Figura 32. Electroforesis de la PCR del paciente positivo a la t(8;21)(q22;q22), el amplificado observado corresponde al re-arreglo exónico RUNX1 ex6 – RUNX1T1 ex4 . Gel de agarosa al 1.5% teñido con teñido con bromuro de etidio 0.05 ng/ml con marcador de tamaño molecular de 100 pb (M).
ΔG° de las interacciones de todos los oligonucleótidos para una posible RT-PCR múltiplex




























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